Ο Professor Χ (Τζέιμς ΜακΑβόι), ο Magneto (Μάικλ Φασμπέντερ), η Mystique (Τζένιφερ Λόρενς) και ο Beast (Νικόλας Χουλτ) έχουν να αντιμετωπίσουν αυτή τη φορά μία καινούρια απειλή, που δεν είναι άλλη από τον Απόκαλιψ (Όσκαρ Ίσαακ). Ο Απόκαλιψ θεωρείται ο πρώτος και πιο ισχυρός από όλους τους μεταλλαγμένους του σύμπαντος των X-Men και για αυτό τον λόγο λατρεύεται σαν θεός.
Η απίστευτη δύναμή του προήλθε από τις δυνάμεις πολλών άλλων μεταλλαγμένων, με αποτέλεσμα να θεωρείται αήττητος και αθάνατος.
Ξυπνώντας λοιπόν μετά από χιλιάδες χρόνια, ο Απόκαλιψ σχηματίζει μία ομάδα από παντοδύναμους μεταλλαγμένους, στους οποίους ανήκει και ο Μαγκνέτο.
Σκοπός τους είναι να δημιουργήσουν έναν νέο κόσμο, με ηγέτη τον Απόκαλιψ. Μπροστά σε αυτή τη νέα, μεγάλη απειλή της ανθρωπότητας, μία ομάδα νέων X-Men δημιουργείται, της οποίας πρέπει να ηγηθεί η Ρέιβεν, μαζί με τη βοήθεια του Καθηγητή Χ.
