Η απόπειρα για την ίδρυση και λειτουργία μονάδων διαχείρισης ζωικών αποβλήτων σκόνταψαν σε αντιδράσεις των τοπικών φορέων που αφορούσαν κυρίως στην χωροθέτησή τους με αποτέλεσμα να συνεχίζεται η ίδια κατάσταση.
Η εναπόθεση των ζωικών απορριμμάτων γίνεται κυρίως στο νότιο τμήμα του λεκανοπεδίου προκαλώντας συχνά και τις διαμαρτυρίες των κατοίκων λόγω της δυσοσμίας.
Συχνά τα απόβλητα αυτά μένουν στα χωράφια και μέσω των αποστραγγιστικών τάφρων καταλήγουν στην Παμβώτιδα επιβαρύνοντας την κατάσταση της λίμνης.
Μία άλλη καταγεγραμμένη πηγή ρύπανσης αποτελεί το εργοτάξιο του Δήμου που βρίσκεται σε απόσταση αναπνοής από την λίμνη.
Από τον Δήμο έχει αναγνωριστεί εδώ και χρόνια η ανάγκη για μεταφορά του εργοταξίου. Την τελευταία πενταετία επιχειρήθηκε η μετεγκατάστασή του, ο χώρος έχει εξευρεθεί, ορισμένες μελέτες εκπονήθηκαν αλλά ακόμη δεν κατέστη εφικτή η μεταφορά ώστε να γίνει ο καθαρισμός και η ανάπλαση της παραλίμνιας περιοχής.
