Στην επαναληπτική δίκη που ακολούθησε μετά την αναίρεση που άσκησε ο Άρειος Πάγος εξαιτίας της διατύπωσης της πρώτης απόφασης, κρίθηκαν ένοχοι η δικαστής Μαρία Ψάλτη και οι δύο μοναχοί Εφραίμ και Αρσένιος.
Το Πενταμελές εφετείο Θράκης καταδίκασε την Μαρία Ψάλτη σε φυλάκιση 6 μηνών με αναστολή για το αδίκημα της παράβασης καθήκοντος και τους δύο μοναχούς σε φυλάκιση 6 μηνών με αναστολή για ηθική αυτουργία στο ίδιο αδίκημα. Oι τρεις κατηγορούμενοι αθωώθηκαν για το αδίκημα της παραβίασης δικαστικού απορρήτου, με βάση το σκεπτικό της απόφασης αναίρεσης του Αρείου Πάγου, πρακτικά για τυπικούς τυπικούς λόγους. Τα επίδικα αδικήματα διαπράχθηκαν κατά τη διάρκεια της πρώτης δίκης για τις διεκδικήσεις της Μονής στις παραλίμνιες εκτάσεις, η απόφαση της οποίας, παρότι θετική για τα συμφέροντα του Δημοσίου, δεν δημοσιεύτηκε από την τότε Πρόεδρο της σύνθεσης του Πρωτοδικείου Ροδόπης Μαρία Ψάλτη, με αποτέλεσμα το Δημόσιο να παραιτηθεί λίγο αργότερα και να προκληθεί η υπόθεση των ανταλλαγών, γνωστή και ως σκάνδαλο της Μονής Βατοπεδίου. Ο εισαγγελέας της έδρας είχε προτείνει την καταδίκη των κατηγορουμένων με βάση το κατηγορητήριο ενώ η επανάληψη της δίκης διήρκεσε τρεις μέρες.
