Γεννήθηκε στην Αθήνα, αλλά οι γονείς του, από ατελείωτες γενιές Κρητικοί, δεν ανέχονταν να πολιτογραφηθεί σαν Αθηναίος. Τον μετέφεραν στην Κρήτη, τυλιγμένο σε μία πάνα, ώστε να γραφτεί στα δημοτολόγια του Αγίου Νικολάου της Κρήτης στις 15 Δεκεμβρίου του 1926. Γιος του δικηγόρου και πολιτικού Ιωσήφ Κούνδουρου. Σπούδασε ζωγραφική και γλυπτική στην Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών της Αθήνας από την οποία και αποφοίτησε το 1948.
Κατά το Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο είχε ενταχθεί στις τάξεις του ΕΑΜ-ΕΛΑΣ, και μετά τον πόλεμο εξορίστηκε στη Μακρονήσο, λόγω των αριστερών φρονημάτων του.
Στα 28 του χρόνια αποφάσισε να ασχοληθεί με τον κινηματογράφο. Ξεκίνησε τη σταδιοδρομία του ως σκηνοθέτης με τη Μαγική Πόλη (1954), όπου συνδύασε τις επιρροές του από το νεορεαλισμό με την εικαστική του ματιά. Με το σύνθετο και πρωτοποριακό έργο Ο Δράκος (1956), ο Νίκος Κούνδουρος καθιερώνεται. Ακολούθησαν “Οι παράνομοι” (1958), «Το ποτάμι» (1959), «Μικρές Αφροδίτες» (1963), «Το πρόσωπο της Μέδουσας» (1967), «Τα τραγούδια της φωτιάς» (1974), «1922» (1978) κ.ά.
Ο Ν. Κούνδουρος είχε αντιπροσωπεύσει τον ελληνικό κινηματογράφο πολλές φορές στο εξωτερικό όπως στο Φεστιβάλ Κινηματογράφου Βενετίας το 1953 και 1956, στο Φεστιβάλ Βερολίνου το 1958, 1963 και 1967. Είχε επίσης τιμηθεί με το Πρώτο Βραβείο σκηνοθεσίας στο Φεστιβάλ Θεσσαλονίκης και Βερολίνου το 1963 για την ταινία «Μικρές Αφροδίτες» καθώς και για την ταινία του «Το ποτάμι» στο Φεστιβάλ Θεσσαλονίκης το 1959.
