Στην αναφορά της παραίτησής του ο κ. Μπαλπακάκης αναφέρει ότι παραιτείται για προσωπικούς λόγους, καθώς και ότι ενδεχομένως θα πρέπει να απουσιάζει για αρκετό διάστημα στην Αθήνα. Ωστόσο επεσήμανε ότι η εμπειρία του είναι στη διάθεση του υπουργείου.
«Δεν φεύγω ούτε σαν κλέφτης, ούτε σαν πολιτικός» δήλωσε ο Γιάννης Μπαλπακάκης στο «Ν» υπογραμμίζοντας για άλλη μια φορά ότι για λόγους ανθρωπιστικούς παρέμενε σε αυτή τη θέση. Μάλιστα στις 24 Μαρτίου 2020 που θα έληγε κανονικά η θητεία του, εκτός απροόπτου, όπως τη σημερινή του παραίτηση θα συμπλήρωνε τρία χρόνια.
Θυμίζουμε ότι επί των ημερών του, το ΚΥΤ Μόριας «άνοιξε» στα Μέσα Ενημέρωσης, ώστε ο καταυλισμός να μη λειτουργεί εν «κρυπτώ». Επίσης κατά τη θητεία του δημιουργήθηκαν οι ασφαλείς ζώνες, περίκλειστες για τη δική τους ασφάλεια, των γυναικών που ταξίδευαν μόνες τους, των γυναικών μονογονεϊκών οικογενειών, των ασυνόδευτων παιδιών, ενώ παράλληλα «έτρεξε» το έργο της αποκατάστασης του βιολογικού και των αποζημιώσεων των ιδιοκτητών ελαιοκτημάτων, όπου είχε επεκταθεί ο καταυλισμός λόγω της έλλειψης χώρου.