Αποφασίζει μια μέρα πως για να γίνει γιατρός έπρεπε να γίνει άνδρας. Έτσι λοιπόν, έβαλε αντρικά ρούχα και έκρυψε κάθε θηλυκότητα απ’ το παρουσιαστικό της.
Εκείνη την εποχή είχε έρθει στο κλεινόν άστυ ο Ηρόφιλος ο Χαλκηδόνιος .Ο Ηρόφιλος ήταν ήδη ονομαστός γιατρός και από τους πρώτους ανατόμους της ιστορίας. Η σχολή που είχε ιδρύσει στην Αλεξάνδρεια ήταν ονομαστή. Σ’ αυτόν τον σπουδαίο διδάσκαλο λοιπόν πήγε να μαθητεύσει η Αγνοδίκη.
Ο Ηρόφιλος της δίδαξε τα πάντα γύρω από την γυναικολογία και την μαιευτική, τομείς που την ενδιέφεραν περισσότερο απ’ όλους. Με το πάθος της, εντυπωσίασε τους πάντες που μιλούσαν με εξαιρετικά λόγια για τον οξυδερκή νεαρό.
Όταν αποφοίτησε από την σχολή του Ηρόφιλου ήταν μια ολοκληρωμένη γιατρός – γυναικολόγος – μαιευτήρας, έτοιμη να προσφέρει τις υπηρεσίες της σ’ όποια γυναίκα είχε ανάγκη.
Έμπαινε στα σπίτια των γυναικών σαν άντρας για να τις βοηθήσει και οι γυναίκες που χρειάζονται την βοήθειά της παραξενεύονται με τα λεπτά χέρια του νεαρού γιατρού και εν γένει με το όλο παρουσιαστικό του. Η Αγνοδίκη αποκάλυπτε στις γυναίκες που πηγαίνει πως δεν επρέπε να την φοβούνται ή να ντρέπονται, γιατί δεν ήταν άνδρας, αλλά γυναίκα σαν και αυτές. Οι γυναίκες με το που το μάθαιναν ήταν πολύ χαρούμενες που μια γυναίκα είναι γυναικολόγος – μαιευτήρας κι έτσι η μια το έλεγε στην άλλη. Το όνομά της πλέον γίνεται πασίγνωστο στην Αθήνα και όλες οι γυναίκες θέλουν αυτήν και μόνο.
Οι άντρες γιατροί νομίζοντας πως η Αγνοδίκη ήταν άντρας την κατήγγειλαν στον Άρειο Πάγο ότι συνάπτει παράνομες ερωτικές επαφές με τις ασθενείς του για αυτό και τον θέλουν όλες. Η Αγνοδίκη δεν αντέξε άλλο αυτές τις συκοφαντίες, οπότε αποκάλυψε στο δικαστήριο ότι είναι γυναίκα. Οι δικαστές τα έχασαν! Στην αίθουσα επικράτησε αναταραχή. Οι κατήγοροι γιατροί απαιτούσαν τον θάνατό της για παραδειγματισμό. Βάσει του αττικού δικαίου απαγορευόταν μια γυναίκα να ασκεί το λειτούργημα του ιατρού.
Οι γυναίκες που έσωσε από δύσκολους τοκετούς την υποστηρίζουν με όλη τους την καρδιά. Οι δικαστές μπροστά σε όλο αυτό το πλήθος που την στήριξε και μην έχοντας κάνει κάτι επιλήψιμο ή μη έχοντας προκαλέσει βλάβη στις γυναίκες ασθενείς της, την αθώωσαν .Και από εκείνη την στιγμή επετράπη να μπορούν οι γυναίκες να σπουδάζουν ιατρική
