Η έκθεση διαρθρώνεται χρονολογικά σε έξι ενότητες, αρχίζοντας από τα πρώτα ίχνη κατοίκησης στον χώρο και τη δημιουργία του Ιερού του Απόλλωνος έως τον μετασχηματισμό του σε θρησκευτικό και πολιτικό κέντρο της Αιτωλικής Συμπολιτείαςκαι την παρακμή του.
Το αρχαιολογικό υλικό εμπλουτίζεται με επεξηγηματικά κείμενα, σχέδια και αναπαραστάσεις, αποσπώμενες καρτέλες με επιπλέον πληροφοριακό υλικό, κείμενα σε μορφή Braille.
Στην αίθουσα πολλαπλών χρήσεων δίνονται περισσότερες πληροφορίες μέσω διαδραστικών εφαρμογών και εκπαιδευτικών προγραμμάτων.
Η ανέγερση του κτηρίου και η οργάνωση της μόνιμης έκθεσης του μουσείου υλοποιήθηκαν μέσω συγχρηματοδοτούμενων ευρωπαϊκών προγραμμάτων σε δύο διαδοχικές προγραμματικές περιόδους.
Οι εργασίες κατασκευής του μουσείου ολοκληρώθηκαν το 2009 από τη Διεύθυνση Εκτέλεσης Έργων Μουσείων και Πολιτιστικών Κτηρίων του υπουργείου Πολιτισμού στο πλαίσιο του Γ’ ΚΠΣ.
