Η είδηση του θανάτου του σκόρπισε θλίψη στην επιστημονική κοινότητα της Κρήτης. Το Πρυτανικό Συμβούλιο του Πανεπιστημίου Κρήτης συνήλθε εκτάκτως το Σάββατο και εξέδωσε ανακοίνωση εξαίροντας την προσωπικότητα του εκλιπόντος καθώς και τις πολύτιμες υπηρεσίες που πρόσφερε στο Ίδρυμα ως ακαδημαϊκός δάσκαλος και ερευνητής. Ήταν ένας από τους πρωτοπόρους στην καθιέρωση της Τεχνολογίας του Ανασυνδυασμένου DNA. Χρησιμοποίησε την τεχνολογία αυτή σε πρωτοπόρες αναλύσεις της μοριακής γονιδιακής εξέλιξης στα έντομα ενώ υπήρξε ο θεμελιωτής του προγράμματος της χαρτογράφησης και αλληλούχισης του γονιδιώματος της Drosophila melanogaster και τη δεκαετία 2000 – 2010 ήταν πρωτοπόρος στην αποκρυπτογράφηση του κουνουπιού – φορέα της ελονοσίας στον άνθρωπο, καθώς και στην ανάπτυξη νέων προσεγγίσεων για την καταπολέμηση της ελονοσίας.
Ο Φώτης Καφάτος γεννήθηκε στο Ηράκλειο στις 16 Απριλίου 1940 ενώ ο πατέρας του καταγόταν από το Μοναστηράκι Ρεθύμνου και ήταν γεωπόνος.
Σπούδασε αρχικά ζωολογία στο Πανεπιστήμιο Κορνέλτο 1961 και βιολογία στο πανεπιστήμιο Χάρβαρντ το 1962. Έλαβε το διδακτορικό του στο πανεπιστήμιο του Χάρβαρντ στη βιολογία το 1965. Ήταν βοηθός καθηγητής στο Χάρβαρντ από το 1965 μέχρι το 1969, όταν και ανακηρύχθηκε καθηγητής στο ίδιο πανεπιστήμιο- ο νεώτερος στην ιστορία του θρυλικού πανεπιστημίου- θέση που διατήρησε μέχρι το 1994.
Από το 1972 μέχρι το 1982 ήταν καθηγητής βιολογίας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και από το 1982 καθηγητής βιολογίας στο Πανεπιστήμιο Κρήτης. Το 1982 ίδρυσε το Ινστιτούτο Μοριακής Βιολογίας και Βιοτεχνολογίας, του οποίου ήταν πρόεδρος μέχρι το 1993, στο Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας στο Ηράκλειο Κρήτης.
Την περίοδο 1993-2005 ήταν γενικός διευθυντής του Ευρωπαϊκού Εργαστηρίου Μοριακής Βιολογίας. Από το 2005 ήταν καθηγητής ανοσογενομικής στο Ιμπίριαλ Κόλετζ του Λονδίνου.
Ήταν ιδρυτικό μέλος και πρώτος πρόεδρος του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου Έρευνας (ΕΣΕ) και επίτιμο μέλος του επιστημονικού του συμβουλίου.
Στην προσωπικότητα και το έργο του Φώτη Καφάτου αναφέρθηκαν με δημοσιεύσεις τους στο twitter ο πρωθυπουργός και ο πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας.
«Ο Φώτης Καφάτος, ένας από τους σημαντικότερους μοριακούς βιολόγους διεθνώς και ένας από τους θεμελιωτές του Πανεπιστημίου Κρήτης, έφυγε από τη ζωή αφήνοντας μεγάλη κληρονομιά στους φοιτητές και τους συναδέλφους του. Συλλυπητήρια στους οικείους του», έγραψε ο Αλέξης Τσίπρας.
«Ο Φώτης Καφάτος ήταν ένας κορυφαίος επιστήμονας, σπουδαίος δάσκαλος και πάντα παθιασμένος με την Κρήτη! Μακάρι πόλλοι νεότεροι να ακολουθήσουν τα βήματά του», ανέφερε ο Κυριάκος Μητσοτάκης.
Προς τιμή του η Πανελλήνια Ένωση Βιοεπιστόμων (ΠΕΒ) έχει ήδη θεσμοθετήσει το «Βραβείο Αριστείας στη Βιολογία – Φώτης Καφάτος», που απονέμεται κάθε δύο χρόνια. Το Βραβείο υποστηρίζεται από το Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (Κρήτη), πρωτεργάτης της ίδρυσης του οποίου ήταν ο Φώτης Καφάτος.
